为何有的公司会扣除个人所得税而有的不扣？

公司是否扣个税取决于其是否为代扣代缴义务人及员工收入情况。分析：根据税法，公司作为员工收入的支付方，有义务代扣代缴个人所得税，特别是当员工收入超过起征点时。然而，如果公司采用非现金或福利等形式支付部分薪资，或者员工收入未达到起征点，则可能不产生代扣代缴义务。此外，一些公司可能因管理不善或法律意识淡薄而未能履行代扣代缴职责。提醒：若发现公司长期未扣缴个税，或存在偷税漏税行为，可能面临税务部门的处罚，应及时咨询专业律师或税务师。
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处理方式：从法律角度，处理公司是否扣个税的问题，常见方式有：1.自行查询税法规定，了解个税起征点及代扣代缴义务；2.与公司财务部门沟通，了解薪资构成及个税扣缴情况；3.若公司存在违法行为，可向税务部门举报，或寻求法律援助。选择方式时，应综合考虑自身情况、公司态度及法律后果，权衡利弊后做出决定。
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具体操作：1.若个人收入超过起征点，公司应依法代扣代缴个税。若公司未扣缴，个人可向公司提出质疑，要求公司履行代扣代缴义务。2.若公司解释薪资构成中存在非现金或福利支付部分，导致个税扣缴减少，个人应核实薪资单，确保薪资构成合法合规。3.若公司存在偷税漏税行为，个人可向税务部门举报，并提供相关证据。税务部门将依法调查处理，对个人举报信息保密。4.若个人与公司沟通无果，或担心自身权益受损，可寻求法律援助，通过法律途径维护自身合法权益。